医疗废水中的病原微生物主要有：病原性细菌，肠道病毒、蠕虫卵和原虫四类。具体包括沙门氏菌属痢疾杆菌、霍乱弧菌、致病性大肠杆菌、传染性肝炎病毒、脊髓灰质炎病毒、柯萨基病毒、蛔虫卵、钩虫卵、血吸虫卵、阿米巴原虫。我国大多数医疗废水中细菌总数每毫升达几百万至几千万个，其中大肠菌群数每毫升废水大多在20万个以上，肠道致病菌检出率达30%～，医院每天排出成百上千吨含有传染性病原菌的医疗废水，这些废水如不及时处理，通过市政废水管道进入废水处理厂后，造成处理后水的质量下降，影响人民身体健康。而对于这些Zui危险的多种疾病的潜在传染源，只有通过废水处理，从废水中检验出，才可被发现和制止。防治医疗废水污染是医疗废水防治的首要目标。具体而言，就是要使医疗废水排放达到国家规定的标准
医院污水处理所用工艺必须确保处理出水达标，主要采用的三种工艺有：加强处理效果的一级处理、二级处理和简易生化处理。
